Matomo je v celoti skladen z evropsko Splošno uredbo o varstvu podatkov (GDPR) in slovensko Uredbo o varstvu osebnih podatkov (SUVP-2).
Matomo spoštuje zasebnost obiskovalcev in jim omogoča, da se izključijo iz sledenja. Matomo tudi anonimizira IP-naslove obiskovalcev in ne deli podatkov z nobenimi tretjimi osebami. Matomo je torej idealna rešitev za spletne strani, ki želijo biti v skladu z najvišjimi standardi varstva podatkov.